Застосування в народній медицині: як відхаркувальне, послаблюючий засіб. Відвари кореневища рослини ефективні при розладах шлунково-кишкового тракту, зокрема при отруєннях, колітах, простудних захворюваннях, застосовуються при деяких гінекологічних захворюваннях, фібриомі. Екстракт ірису болотного використовується як активний компонент багатьох біологічно активних добавок при захворюваннях кишечника, підшлункової залози.